若手研究者PROFILE 2022
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研究内容RNAデータ駆動型オミクス情報解析法の開発14情報科学・技術分子・細胞機能・生命情報KEYWORD業績1. Sato K & Kato Y. Prediction of RNA secondary structure including pseudoknots for long sequences. Brief. Bioinform. bbab395. doi: Bioinformatics. 36(9):2725-2730. doi: 10.1093/bioinformatics/btaa059. 2020.Genomics. 18(1):935. doi: 10.1186/s12864-017-4309-y. 2017.10.1093/bib/bbab395. 2021.2. Shimmura K, Kato Y, Kawahara Y. Bivartect: accurate and memory-saving breakpoint detection by direct read comparison. 3. Sugihara R, Kato Y, et al. Alignment of time-course single-cell RNA-seq data with CAPITAL. bioRxiv. 859751. 2019.4. Kato, Y et al. Alignment-free comparative genomic screen for structured RNAs using coarse-grained secondary structure dot plots. BMC 5. Kato, Y et al. Rtips: fast and accurate tools for RNA 2D structure prediction using integer programming. Nucleic Acids Res. W29-34. doi: 10.1093/nar/gks412, 2012.オミクス (omics) は生体内の分子全体を網羅的に調査する学問です。例えば、分子全体として遺伝子 (gene) を考えたものはゲノミクス (genomics) と呼ばれます。私は遺伝子の転写産物であるRNAという切り口から、複雑な生命を理解するための理論的研究活動を行っています。具体的に、細胞内のRNAが遺伝子から転写された量という観点から、細胞分類や細胞動態予測 3)を行っています(FIGURE 1)。また、RNAの塩基配列から構造を予測 1, 4, 5)することで、相関のある機能の推定につながります(FIGURE 2)。以上は異なる角度から見た内容ですが、観測されたデータから有用な情報を抽出し、新たな知識として獲得するためのアルゴリズムを開発する(FIGURE 3)という点で共通しています。研究室で生成されたデータおよび既存ツールを用いて、RNA塩基の編集部位解析や、シングルセルデータ解析などを実施することに加え、既存のツールに足りない箇所を補って余りあるような新規手法の開発2) に力を入れています。加藤 有己KATO Yuki医学系研究科 ゲノム生物学助教・学部内講師researchmaphttps://researchmap.jp/read0207242生命とアルゴリズム:生命現象をRNAデータとして見るためのものづくり

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